為順利推動本計畫相關業務，規劃成立「關港貿單一窗口工作圈」（「關稅總局規劃推動『優質經貿網絡計畫』組織示意圖」及「關港貿單一窗口工作圈架構圖」如圖1、圖2所示），由本總局邀集通關、航港、貿易簽審相關機關，及聘請專家學者與相關業者代表共同參與，負責我國貨物進出口管理與申辦服務單一入口之業務推動，研擬單一窗口業務面、系統面、技術面、訊息面、法制面、功能面、執行面以及維運模式之各項作業方案；另規劃整合「優質經貿網絡計畫」項下各子計畫之業務介接需求，建立與國際接軌之經貿通關作業環境。本計畫之工作圈組成架構及執行作業如下：
（一）主政機關（財政部）：政策主導及跨機關業務協調。
（二）主辦機關（關稅總局）：負責單一窗口計畫之規劃及推動作業。
（三）協辦機關（關港貿相關機關）：協助計畫推動。
（四）協助單位（關港貿網路經營業者）：協助計畫推動。
（五）關港貿單一窗口工作圈：負責整體計畫推動、架構規劃、業務整合、溝通協調、分工運作等作業。工作圈下設秘書組、顧問組及5個工作小組：
１、秘書組（關稅總局）：負責計畫相關之行政業務，協助各分組運作及各單位辦理其應配合執行事項。
２、顧問組（專家學者與進出口業者代表）：提供單一窗口架構與功能面相關建議與諮詢。
３、法規研修組：針對單一窗口作業需求，蒐集、研提各機關應配合增修或鬆綁之法規與作業流程，並督促各機關依計畫時程配合完成修訂作業。
４、資料調和組：蒐集、彙整、研擬通關、航港、貿易簽審等相關貨物進出口資料之調和意見與方案，研提經貿通關資料互通與共用之機制與範疇。（配合「預報貨物資訊」計畫共同研議、執行）
５、服務規劃組：蒐集、評估貨物進出口管理相關機關之業務需求與意見，研議可納入單一窗口之服務項目與作業範圍，並研提各機關應配合調整、簡化之業務項目與作業流程。
６、資訊系統組：研擬單一窗口系統架構、營運模式、維運地點、設備需求、維運人力、備援機制、介接介面、系統規格等。
７、國際接軌組：推動查緝情資、AEO優質企業、原產地證明、檢驗合格證、檢疫合格證…等電子資訊或證明文件跨國合作及認證事宜，研提國際接軌推動計畫。